Die Geschichte des Medizinhistorischen Museums Hamburg begann im Jahre 2007. Der Vorstand des UKE bat den Freundes- und Förderkreis des UKE, das heutige Fritz Schumacher-Haus nach dem Auszug des Pathologischen Instituts zu restaurieren und einer neuen Nutzung zuzuführen. Die Idee, in dem restaurierten Gebäude ein medizinhistorisches Museum einzurichten, wurde von allen Beteiligten begrüßt. Prof. Holstein, der damalige Vorsitzende des Freundes- und Förderkreises nahm sich der Aufgabe an und suchte zunächst nach Geldgebern für die anstehenden Arbeiten und die Einrichtung des Museums.
In enger Zusammenarbeit mit der Denkmalschutzbehörde wurden die einzelnen Bauabschnitte fertig gestellt und Schritt für Schritt der Öffentlichkeit präsentiert. So konnte 2010 der restaurierte Sektionssaal vorgestellt werden, begleitet von einer Ausstellung, die einen ersten Einblick in die Vielfalt der Exponate gewährte. Im Oktober 2013 wurde der erste Teil der Dauerausstellung „Die Entstehung der Modernen Medizin“ eröffnet. Im Dezember 2014 machte das Museum den zuletzt fertig gestellten kleinen Sektionssaal und die Räume im ersten Obergeschoss zugänglich.