Das Institut für Immunologie (IfI) wurde im November 1997 als klinisch-theoretisches Institut am Fachbereich Medizin gegründet, da der Wissenschaftsrat bei seiner Begutachtung des UKE 1996 eine Zentralisierung und Stärkung der immunologischen Forschung am UKE gefordert hatte.

Das Institut entstand aus der früheren Abteilung für Klinische Immunologie und Allergologie der Medizinischen Klinik, die seit 1970 bestand und bis 1996 von Herrn Prof. Dr. med. Heinz-Günter Thiele geleitet wurde. Aus dieser Abteilung, die seit ihrer Gründung Aufgaben in Forschung, Lehre und Krankenversorgung wahrnahm, konnte eine gut etablierte Infrastruktur in das Institut überführt werden. Das Institut wurde im Interimsgebäude 1 (W23) untergebracht; von 1996 bis 2002 war Prof. Dr. med. Friedrich Nolte kommissarischer Leiter des Instituts. Prof. Dr. med. Bernhard Fleischer (ehemaliger Direktor des Bernhard-Nocht-Instituts für Tropenmedizin) übernahm in 2002 die Leitung des Institutes. Unter seiner Leitung zogen die Forschungslabore des Instituts 2007 in das neu eröffnete Campus-Forschung Gebäude (2. OG). Im Januar 2008 zogen die Diagnostiklabore des Instituts in das neu eröffnete Laborzentrum (1. OG). Prof. Dr. rer. nat. Hans-Willi Mittrücker wurde im Oktober 2006 als Leiter der Arbeitsgruppe Infektionsimmunologie an das IfI rekrutiert, und seit Ende 2009 leitet Frau Prof. Dr. rer. nat Eva Tolosa die Arbeitsgruppe Immunregulation. Seit 2017 leitet Prof. Dr. med. Marcus Altfeld das Institut für Immunologie am UKE, und die Arbeitsgruppe Virus Immunologie.