Die wissenschaftlichen Arbeiten des Institutes für Systemimmunologie werden u. a. von den folgenden Einrichtungen gefördert:
Deutsche Forschungsgemeinschaft
Deutsch-Israelische Stiftung für Wissenschaftliche Forschung und Entwicklung (GIF)
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Deutsche Forschungsgemeinschaft
Deutsch-Israelische Stiftung für Wissenschaftliche Forschung und Entwicklung (GIF)