Im Rahmen des ZMNH Doktorandenprogramms erhalten Studierende eine weiterführende fakultätsübergreifende Ausbildung in Neurowissenschaften und Molekularbiologie, die zur Promotion nach den Promotionsordnungen des Universitätsklinikums Hamburg-Eppendorf (UKE) oder der Fakultät für Mathematik, Informatik und Naturwissenschaften (MIN) der Universität Hamburg führen soll.

Jede Doktorandin und jeder Doktorand trifft mit einer Betreuerin oder einem Betreuer sowie zwei Mentoren, die zusammen das Thesis-Komitee bilden, eine Betreuungsvereinbarung. Diese beinhaltet eine Betreuung in allen Fragen der Forschung, Ausbildung und wissenschaftlichen Karriere sowie die Förderung der wissenschaftlichen Eigenständigkeit durch proaktives Mentoring.

Die Promovierenden nutzen die fachspezifischen Lehrangebote des ZMNH, zu denen verschiedene Seminarreihen , einschließlich von den Studierenden selbst organisierte Doktorandenseminare gehören, sowie externe Seminare z.B. des Hamburg Center of Neuroscience (HCNS), um umfassende Kenntnisse in den Neurowissenschaften zu gewinnen.

Kurse zu berufsqualifizierenden Schlüsselkompetenzen zum Beispiel im Projektmanagement werden vom Career Center der Universität Hamburg , der Hamburg Research Academy , dem PIASTA Programm der Universität Hamburg und der MIN Graduiertenschule International angeboten.