Das Leitungsgremium der Medizinischen Fakultät besteht aus der Dekanin bzw. dem Dekan, den Prodekanen bzw. Prodekaninnen und dem Fakultäts-Geschäftsführer bzw. der Fakultäts-Geschäftsführerin.

Das Dekanat entscheidet über alle Angelegenheiten der Fakultät, die nicht vom Fakultätsrat zu entscheiden sind. Insbesondere bestimmt das Dekanat über die Verwendung der Mittel, die das UKE von der Freien und Hansestadt Hamburg für Zwecke von Forschung und Lehre erhält. Es beruft auch die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer. Innerhalb des Dekanats hat die Dekanin bzw. der Dekan die Richtlinienkompetenz.

Die Dekanin bzw. der Dekan wird vom Fakultätsrat gewählt und bedarf der Bestätigung durch das Kuratorium, dem Aufsichtsrat des UKE. Sie bzw. er wird für drei bis fünf Jahre gewählt. Die übrigen Mitglieder des Dekanats werden von der Dekanin bzw. vom Dekan ausgewählt und vom Fakultätsrat bestätigt. Auch ihre Amtszeit beträgt 3 bis 5 Jahre. Seit 2007 ist der Dekan bzw. die Dekanin der Medizinischen Fakultät hauptamtlich tätig.