Experimentelle Doktorarbeit in der Nephrologie: Molecular Characterization of Anti-Nephrin Antibodies in Anti-Nephrin-Associated Podocytopathies

Nephrologie, Nierentransplantation, Rheumatologie und Endokrinologie, III. Medizinische Klinik und Poliklinik

Beginn: nach Absprache Bewerbungsfrist: keine

Hintergrund: Minimal Change Disease (MCD) and Focal Segmental Glomerulosclerosis (FSGS) are common primary causes of nephrotic syndrome in children and adults. Recently, autoantibodies against nephrin, a key protein of the podocyte slit diaphragm, were identified as biomarkers correlating with disease activity with a prevalence of 69% in immunosuppression-naïve patients with active MCD, 14% with active primary FSGS and 90% of children with idiopathic nephrotic syndrome. We could show the anti-nephrin antibodies’ pathogenic relevance in an animal model of active immunization and further describe molecular changes upon antibody binding such as increased nephrin phosphorylation and altered nephrin downstream signaling. We now aim to further characterize the pathomechanisms associated with anti-nephrin antibodies binding to their target protein in vitro and in vivo.

Ziel: Our major aims are the identification of epitope containing regions within nephrin and characterization of epitope-dependent pathomechanisms initiated by antibody binding; leading the way to develop antibody-specific targeted therapies for affected patients.

Methoden: Distinct nephrin variants are expressed in HEK293 cells and purified from cell culture media. The protein variants are then used to characterize antibody binding of human and mouse sera in approaches such as ELISA, immunoprecipitation, western blot, and mass spectrometry. The variants with most antibody binding identify the immunodominant, epitope containing regions and will be tested for their specific pathogenicity in an autoimmune mouse model of anti nephrin antibodies. Furthermore, nephrin-overexpressing podocytes will be exposed to human patient IgG to characterize the molecular changes upon antibody-binding in vitro and develop therapeutic strategies to intervene with antibody binding and downstream signaling changes.

Related Papers: Hengel FE, Dehde S, Lassé M, Zahner G, Seifert L, Schnarre A, . . . Tomas NM and Huber TB. Autoantibodies Targeting Nephrin in Podocytopathies. N Engl J Med. 2024.

Wir suchen: Doktorand:innen mit großer Motivation für eine translationale, experimentelle Arbeit im Labor

Wir bieten:
- Erfoschung eines neuen und spannenden Themas mit translationalem Schwerpunkt und unmittelbarer Relevanz für betroffene Patient:Innen
- Einarbeitung durch ein gut eingespieltes und erfahrenes Team
- Erlernen molekularbiologischer Methoden in vitro sowie in vivo
- Integration durch wöchentliche Labormeetings und engmaschige Betreuung
- Möglichkeit der Präsentation eigener Daten auf Kongressen
- Beteiligung an resultierenden Publikationen
- Stipendium im Rahmen des Graduiertenkolleg des SFB 1192 ‘Immune-Mediated Glomerular Diseases'

Laufzeit: 1 Jahr experimentelle Vollzeit-Labortätigkeit (2 Freisemester)

Methoden: Molekularbiologie, Nephrologie, Immunologie

Betreuung: Dr. Felicitas Hengel und PD Dr. Nicola Tomas

Kontakt: Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung (CV und Motivationsschreiben, ggfs Empfehlungsschreiben) an Dr. Felicitas Hengel und PD Dr. Nicola Tomas

Prospektive klinische Doktorarbeit in der Anästhesiologie

Zentrum für Anästhesiologie und Intensivmedizin, Klinik und Poliklinik für Anästhesiologie

Beginn: nach Absprache Bewerbungsfrist: 18.08.2024

Projekt: Unsere Arbeitsgruppe beschäftigt sich mit Patienten-berichteten Outcomes in der perioperativen Medizin. Im Rahmen einer prospektiven klinischen Beobachtungsstudie untersuchen wir die Qualität der postoperativen Erholung. Ziel ist es, den longitudinalen Verlauf der postoperativen Erholung während sieben Tagen nach einer Operation darzustellen.

Wir erwarten
• Interesse am wissenschaftlichen Arbeiten
• hohe Motivation und eigenständige Arbeitsweise
• Datenerhebung in Vollzeit für ein mind. Semester
• Teamfähigkeit
• Vorkenntnisse sind hilfreich, aber nicht erforderlich

Wir bieten
• anspruchsvolle Promotionsarbeit
• ein Projekt mit konkreter Fragestellung
• ausgezeichnete Betreuung in allen Abschnitten des Promotionsprozesses
• langjährige Erfahrung in der Betreuung und Durchführung von patientennahen Studien
• Einblicke in die klinische Forschung der Anästhesiologie

Kontakt: PD Dr. Marlene Fischer , Zentrum für Anästhesiologie und Intensivmedizin

Klinisch-statistisch Doktorarbeit in der Augenheilkunde im Bereich Hamburg City Health Studie (HCHS)

Kopf- und Neurozentrum, Klinik der Augenheilkunde

Beginn: nach Absprache Bwerbungsfrist: keine

Die Hamburg City Health Studie (HCHS) stellt die weltweit größte prospektive urbane Kohortenstudie dar. In dieser interdisziplinären Studie werden seit 2018 bei insgesamt 45.000 Hamburger:innen im Alter von 45-74 Jahren unter anderem modernste Augenaufnahmen (Fundus, OCT, OCTA) gemacht. In diesem Projekt arbeiten über 30 Kliniken und Institute des UKE zusammen, um interdisziplinär für die Medizin von morgen zu forschen. Hierbei leitet unser Arbeitsgruppe „Imaging & AI“ den Augenabschnitt. Durch den hohen qualitativen und quantitativen Ansatz der erhobenen Daten ergibt sich eine einzigartige Chance zur Erforschung der Hamburgerbevölkerung. Hierbei können Forschungskenntnisse innerhalb der Augenheilkunde erarbeitet werden, darüber hinaus sind jedoch auch interdisziplinäre Forschungsfragen über die Augenheilkunde hinaus möglich. Es werden hierbei auch innovative Methodiken, wie der Künstlichen Intelligenz, zur Auswertung exploriert.
Im Rahmen Ihrer Doktorarbeit führen Sie im Team von mehreren wissenschaftlichen Mitarbeitern mit Unterstützung des ärztlichen Personals die Datensicherung- und Auswertung, der Augenaufnahmen durch. Dabei kommen im Rahmen des Registers moderne Technologien zum Einsatz, die die Datenerhebung so einfach wie möglich gestalten. Es werden ggf. Nachuntersuchungen stattfinden. Diese Untersuchungen werden von Ihnen mit koordiniert und durchgeführt.

Wir bieten: Ein engagiertes Team mit viel gegenseitiger Unterstützung und einem gemeinsamen Spirit. Wir diskutieren mit Ihnen nach Beginn der Arbeit die erhobenen Daten. Es erfolgt durchweg eine engmaschige und individuelle Betreuung, sowie Unterstützung bei der statistischen Auswertung und wissenschaftlichen Diskussion. Wir unterstützen Sie somit beim Schreiben der Arbeit und haben wie Sie das Ziel, die Ergebnisse nach Abschluss der Datenanalyse zügig einzureichen und zu publizieren.

Anforderungsprofil: Wir erwarten Interesse an der Arbeit im Bereich der Versorgungsforschung und Augenheilkunde, insbesondere klinischer nicht-invasiver Augenaufnahmen, bisher gute Leistungen im Medizinstudium und Engagement darüber hinaus, sowie ein hohes Engagement und Einsatz für das Projekt und Teamfähigkeit. Die Arbeit strebt eine Publikation an, sodass ein Freisemester für die Doktorarbeit unserseits vorausgesetzt wird. Anbindung zur Erbringung der Studienarbeit ist hierbei möglich und erwünscht.

Bewerbungen: Bitte mit Lebenslauf und Motivationsschreiben an Ansgar Beuse und Carsten Grohmann

Experimentelle Doktorarbeit im Forschungsinstitut Kinderkrebszentrum Hamburg, AG Entwicklungsneurobiologie und Pädiatrische Neuroonkologie

Forschungsinstitut Kinderkrebszentrum, Pädiatrische Hämatologie und Onkologie

Beginn: nach Absprache; Bewerbungsfrist: keine

Arbeitsgruppe:
Entwicklungsneurobiologie und pädiatrische Neuroonkologie (Prof. Schüller)

Thema:
Entschlüsselung der Rolle von CAP1 im Medulloblastom

Hintergrund/Vorarbeiten:
Medulloblastome sind die häufigsten bösartigen Hirntumoren im Kindesalter. In den letzten Jahren konnte durch ein deutlich verbessertes molekulares Verständnis dieser Tumoren die Überlebensrate auf etwa 70% erhöht werden. Es besteht allerdings nach wie vor ein großer Forschungsbedarf, da ein Teil der Patienten diese Erkrankung nach wie vor nicht überlebt und die Überlebenden mit schweren Folgen der aggressiven Therapien zu kämpfen haben.

Medulloblastome werden in vier molekulare Subgruppen unterteilt, die sich anhand ihrer klinischen Verläufe, Genexpression, globalen Methylierung und auch Ursprungszelle unterscheiden. Eine Subgruppe von Medulloblastomen sind getrieben von Alterationen im Sonic-Hedgehog (SHH) Signalweg und entstehen durch unkontrollierte Proliferation in Vorläufern der Körnerzellen des Kleinhirns.

In Vorarbeiten konnte gezeigt werden, dass das Protein CAP1 einen großen Einfluss auf das Wachstum und die Differenzierung von Körnerzellen hat. So konnte bereits gezeigt werden, dass ein Knockout von CAP1 zu einer deutlichen Kleinhirnhypoplasie führt. Dies legt nahe, dass Veränderungen in CAP1 auch die Entstehung von SHH-Medulloblastomen beeinflussen können. Dies soll im Rahmen dieser Promotionsarbeit untersucht werden.

Hypothesen/Fragen:
Welchen Einfluss hat ein Knockout von CAP1 auf die Entwicklung von Medulloblastomen? Welche Signalwege sind an diesen Prozessen beteiligt? Kann man diese therapeutisch nutzen?

Methoden/Aufgaben:
Im Rahmen der hier ausgeschriebenen medizinischen Doktorarbeit soll der Einfluss eines CAP1 Knockout in einem transgenen Mausmodell für SHH-Medulloblastome untersucht werden. Hierbei soll der Einfluss auf die Tumorentwicklung, die Tumorhistologie und auch die molekularen Effekte des CAP1 Knockouts untersucht werden. Zusätzlich sollen die Effekte eines Verlusts von CAP1 in humanen Zelllinien von SHH-Medulloblastomen analysiert und mit den Ergebnissen aus dem Mausmodell verglichen werden.

Erwartete Ergebnisse:
Der Einfluss von CAP1 auf die Entwicklung von SHH-MBs ist bisher nicht untersucht. Die hier generierten Ergebnisse werden zum einen zu einem besseren molekularen Verständnis der Tumoren führen und zum anderen mögliche neue Therapieoptionen eröffnen. Diese werden dringend benötigt, um sowohl das Überleben der Patienten insgesamt zu verbessern aber auch und vor allem um die Therapien so zu verändern, dass Langzeitfolgen verringert und die Lebensqualität der Überlebenden verbessert wird.

Laufzeit: ideal 1 Jahr (2x Freisemester); studienbegleitende Modelle sind nach Rücksprache möglich

Betreuung: Prof. Dr. med. Ulrich Schüller und Dr. rer. biol. hum. Melanie Schoof

Kontakt: Bei Interesse an einer gemeinsamen Zusammenarbeit, freuen wir uns sehr über eine kurze Bewerbung (CV und kurzes Motivationsschreiben) an Dr. rer. biol. hum. Melanie Schoof

Klinische Promotion zum Thema Prävalenzerhebung und Risikofaktoranalyse des akuten Nierenversagens bei Kindern nach Herzoperation

Universitäres Herz- und Gefäßzentrum Hamburg, Klinik für Kinderherzmedizin

Beginn: möglichst zeitnah Bewerbungsfrist: Keine

Hintergrund: Das akute Nierenversagen nach herzchirurgischen Eingriffen (cardiac surgery associated acute kidney injury, CS-AKI) stellt eine häufige Komplikation dar und ist durch eine erhöhte Mortalität und Morbidität gekennzeichnet. Die genaue Prävalenz des CS-AKI ist aufgrund diagnostischer Herausforderungen bei Säuglingen und Kleinkindern schwer zu bestimmen, was zu erheblichen Schwankungen in der Literatur führt. Die üblichen diagnostischen Maßnahmen, die in der Erwachsenenmedizin für das AKI verwendet werden, wie die Bestimmung des Serumkreatinins, stoßen bei Säuglingen und Kindern an ihre Grenzen. Darüber hinaus wurden verschiedene Klassifikationssysteme, wie die nKDIGO- Kriterien entwickelt, um den Schweregrad des AKI genauer bestimmen zu können. Zukünftig könnten Biomarker oder Risikostratifizierungsmodelle eine wichtige Rolle bei der Diagnose spielen. Die frühzeitige Erkennung des CS-AKI ist aufgrund der potenziellen Langzeitfolgen und der erhöhten Mortalität für die betroffenen Patient:innen von großer Bedeutung, da noch nicht genau vorhergesagt werden kann, wie sich ein CS-AKI in der Kindheit im Erwachsenenalter auswirkt.

Methoden: Erhebung und Aufarbeitung klinischer Daten im Intensivverlauf der kinderkardiologischen Intensivstation über das Programm Integrated Care Management (ICM) mittels Extraktionssoftware ICMiq an einem KIS-1 Arbeitsplatz. Statistische Auswertung und Prävalenzerhebung des cs-AKI nach nKDIGO Kriterien und multivariate Regressionsanalyse zur Identifikation von intraoperativen als auch postoperativen Variablen zur zukünftigen Erstellung von Risikostratifizierungsmodellen.

Weiterführende Literatur: Van den Eynde et al, Risk factors for acute kidney injury after pediatric cardiac surgery: a meta‑analysis, Pediatric Nephrology (2022) 37:509–519 https://doi.org/10.1007/s00467-021-05297-0

Wir bieten: spannende Einblicke sowohl in die Kinderkardiologie, -Nephrologie sowie -Intensivmedizin, eine engmaschige Betreuung, sowie Unterstützung bei der statistischen Auswertung und wissenschaftlichen Diskussion dieses interdisziplinären Projekts. Es besteht die Möglichkeit der Präsentation eigener Daten auf Kongressen und Beteiligung an resultierenden Publikationen.

Anforderungsprofil: Wir wünschen uns klinisches und wissenschaftliches Interesse an der kinderkardiologischen Intensivmedizin. Außerdem erwarten wir gute medizinische Grundkenntnisse und Leistungen im Medizinstudium sowie ein hohes Engagement für das Projekt.

Dauer: Es sollten insgesamt 12 Monate Vollzeit für die Promotion eingeplant werden.

Betreuung: Dr. Paul Lampel, Dr. Sebastian Harms und Prof. Dr. R. Kozlik-Feldmann

Bewerbungen bitte mit Lebenslauf und Motivationsschreiben sowie an Dr. Sebastian Harms

Experimentelle Doktorarbeiten am Institut für Systemische Neurowissenschaften und der Kopfschmerzambulanz des UKE

Zentrum für Experimentelle Medizin, Institut für Systemische Neurowissenschaften

Beginn und Dauer:
Der Beginn der Arbeit ist ab Herbst möglich. Die Dauer beträgt ein Jahr in Vollzeit.

Wir vergeben
eine neurophysiologische, experimentelle Doktorarbeiten in der Arbeitsgruppe „Headache and Pain“ des Institutes für Systemische Neurowissenschaften.

Das Projekt lautet: „Veränderung neuronaler Verarbeitung multisensorischer Reize bei Migräne und Rückenschmerzen“.

Die Arbeitsgruppe „Headache und Pain“ (Prof. Arne May) führt seit langer Zeit Untersuchungen zu den neurologischen Ursachen von Migräne mittels funktionelle Magnetresonanztomographie (fMRT) durch.

In diesem Projekt sollen verschiedene sensorische Modalitäten (Schmerz, visuell, auditiv) gleichzeitig stimuliert werden, um Veränderungen der neuronalen Verarbeitung von multisensorischem Input zu untersuchen.

Wir bieten:
- Umfassende Vorarbeiten zum Forschungsgegenstand
- Erlernen der Erhebung, Auswertung und Interpretation neurowissenschaftlicher Daten
- Ein nettes Team, tägliche intensive Betreuung durch erfahrene MitarbeiterInnen
- Zügige Bearbeitung des Themas

Wir suchen:
- 1 Jahr Vollzeit
- Interesse und Engagement in der neurowissenschaftlichen Forschung zum Thema Schmerz und Multisensorik
- Konzentriertes und sorgfältiges Arbeiten, Tätigkeit im Labor
- technisches und statistisches Interesse

Kontakt: Bei Interesse wenden Sie sich bitte an PD Dr. Jan Mehnert , Institut für Systemische Neurowissenschaften, W34

Promotionsstelle in der klinischen Kardiologie am Universitären Herz- und Gefäßzentrum zur Erforschung der infektiösen Endokarditis

Universitäres Herz- und Gefäßzentrum Hamburg, Klinik für Kardiologie

Beginn: ab September 2024 Bewerbungsfrist: ab sofort, schnellstmöglichst

Dauer: ca. 1 ½ Jahre (studienbegleitend, kein Freisemester notwendig)

Hintergrund:
Die infektiöse Endokarditis ist eine bakterielle Erkrankung der Herzinnenhäute und Herzklappen, die oft bei älteren Menschen oder Patient:innen mit Herzfehlern auftritt und mit einer hohen Morbidität und Mortalität vergesellschaftet ist. Am Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf werden entsprechende Fälle in einer interdisziplinären Konferenz (Endokarditis-Board) besprochen und strukturiert behandelt.

INFLAME-Kohortenstudie:
Die prospektive klinische Kohortenstudie verfolgt alle Patient:innen mit diagnostizierter oder mutmaßlicher infektiöser Endokarditis. Ziel ist es, Prädiktoren für den Krankheitsverlauf basierend auf individuellen Risikofaktoren und verschiedenen Therapien zu identifizieren.
Die Studie wird von PD Dr. Daniel Kalbacher und PD Dr. Christoph Sinning geleitet und von Dr. Laura Keil, Johanna Skibowski und Dr. Nele Warnecke betreut.

Ihre Aufgaben:
- Erhebung und Eingabe von Patient:innendaten über einen Zeitraum von 1,5 Jahren
- Betreuung und telefonisches Follow-up der inkludierten Patient:innen
- Zusammenarbeit im Team (Aufteilung der Aufgaben auf zwei Doktorand:innen)

Wir bieten:
- Engmaschige Betreuung und Unterstützung in einem erfahrenen Team
- Durchführung der Arbeit im Rahmen des Studiums
- Statistische Auswertung durch das kardiologische Team
- Vertiefte Einblicke in das Krankheitsbild der infektiösen Endokarditis

Bewerbung:
Bei Interesse freuen wir uns über ein kurzes Anschreiben sowie einen aktuellen Lebenslauf, gerne per E-Mail an: L. Keil | - J. Skibowski oder Dr. Nele Warnecke

Experimental medical doctoral thesis in Collaborative Research Centre (CRC) 1648 “Emerging Viruses: Pathogenesis, Structure, Immunity”

Institute for Infection Research and Vaccine Development , Medical Center Hamburg-Eppendorf, Center for Internal Medicine, UKE + several Partners

Start: flexible by arrangement.

Details: Emerging viral infections are one of the greatest threats to global health. They are defined as viral diseases that have emerged in a population for the first time, or that have existed locally but are rapidly spreading to new geographic areas and populations. The newly established CRC 1648 aims to achieve a deep understanding of virus-host interactions, structure, pathophysiology and immunity to specific emerging viral infections. This will allow for the strategic development of broadly applicable and generalizable preventive or therapeutic strategies targeting both the virus and the host, using the joint international expertise of the consortium members coupled with the availability of critical, cutting-edge methods and infrastructures.

CRC 1648 brings together a multidisciplinary team of basic research investigators and clinician scientists from leading research institutions in northern Germany: University Medical Center Hamburg-Eppendorf (UKE), Universität Hamburg, Leibniz Institute of Virology (LIV), Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine (BNITM), Friedrich-Loeffler-Institut (FLI), Centre for Structural Systems Biology (CSSB) and the Universitätsspital Basel, Switzerland.

All PhD and MD students will be enrolled in the integrated Research Training Group (iRTG). The aim of the iRTG is to train future leaders for the global fight against potential pandemics. This goal is achieved through an innovative and comprehensive multidisciplinary graduate program. Leading scientists in molecular and structural virology, epidemiology and computational modeling, bioinformatics and machine learning, viral immunology, vaccine research, investigation of virus-mediated pathomechanisms, statistics, and epidemic preparedness, will train the iRTG students.

More details about the CRC are available here: www.uke.de/crc1648

We are looking forward to applications from individuals with:

• A high motivation and a strong interest in the combination of structural biology, immunology and virology
• Conscientiousness, a structured working approach and a strong work ethic
• Commitment, team spirit and good communication skills, independence and flexibility
• Very good spoken and written English
• Laboratory experience would be desirable

Partners/ Clinics and institutes involved:
I. Department of Medicine incl. Division of Infectious Diseases, III. Department of Medicine, Department of General, Visceral and Thoracic Surgery, Department of Integrative Virology, Department of Stem Cell Transplantation (SCT), Research Department Cell and Gene, Therapy, Institute for Infection Research and Vaccine Development (IIRVD), Institute of Medical Microbiology, Virology and Hygiene, Institute of Neuroimmunology and Multiple Sclerosis (INIMS), Center for Molecular Neurobiology Hamburg (ZMNH), UHH (Department of Chemistry), CSSB and BNITM.

Duration: The work requires two semesters off/one research year. A scholarship will be paid for this period.

Contact: We look forward to receiving your application with CV and short letter of motivation to crc1648@uke.de Dr. Susanne Ziegler, CRC 1648 - Coordinator.

Der Einfluss der Katheterablation von Vorhofflimmern auf die zerebrale Perfusion, strukturelle und funktionelle Konnektivität und Kognition

Catheter Ablation for Rhythm Control and The Impact on Cerebral Blood Flow, structural and functional brain connectivity and cognitive performance in patients with persistent Atrial Fibrillation- ARCTIC-CBF

Klinik für Kardiologie mit Schwerpunkt Elektrophysiologie, Universitäres Herz- und Gefäßzentrum

Beginn: nach Absprache Bewerbungsfrist: Keine Sprache der Arbeit: Deutsch or Englisch

Projekt: Das Projekt sieht eine Mitarbeit in der Patientenrekrutierung, dem Einschluss (einschließlich Biobanking) und der Datenerhebung in der prospektiven ARCTIC-Studie vor. Die ARCTIC-Studie ist ein interdisziplinäres Projekt der Abteilung für Kardiologie und Neurologie des UKE. In die ARCTIC-Studie eingeschlossen werden Patienten mit persistierendem Vorhofflimmern, bei denen eine Behandlung mittels Katheterablation vorgesehen ist. Vor und nach der Ablation sowie nach 3 Monaten wird die cerebrale Perfusion sowie Konnektivität mittels cerebralem MRT gemessen. Zudem erfolgt eine Nachsorge hinsichtlich der Rezidivfreiheit von Rhythmusstörungen. Insgesamt sollen 60 Patienten eingeschlossen werden. Es werden neben den Ergebnissen der cerebralen MRT auch prozedurale Daten und Biomarker erfasst und ausgewertet. Die Studie ist auf ein Jahr ausgelegt.

Wir bieten: Einblicke sowohl in die Kardiologie sowie Neurologie, eine engmaschige Betreuung, sowie Unterstützung bei der statistischen Auswertung und wissenschaftlichen Diskussion eines interdisziplinären Projekts. Außerdem engmaschige Betreuung beim Verfassen der Arbeit mit dem Ziel einer zügigen Einreichung.

Anforderungsprofil: Wir wünschen uns klinisches und wissenschaftliches Interesse an der Kardiologie, insbesondere auch der klinischen Elektrophysiologie. Außerdem erwarten wir gute medizinische Grundkenntnisse und Leistungen im Medizinstudium sowie ein hohes Engagement für das Projekt.

Dauer: Es sollten insgesamt 12 Monate Vollzeit für die Promotion eingeplant werden.

Kontakt: Bewerbungen bitte mit Lebenslauf, Motivationsschreiben sowie Physikumszeugnis an PD Dr. Andreas Rillig und Dr. Laura Rottner .

Klinische Doktorarbeit zu „hyperspektraler Bildgebung in der Sarkomchirurgie“

Klinik für Allgemein-, Viszeral und Thoraxchirurgie

Beginn: Möglichst Zeitnah Bewerbungsfrist: Keine

Laufzeit: Klinische Phase 6 Monate zur Datenerhebung, dann 3 Monate zur Auswertung und Schreiben der Doktorarbeit

Projekt: Hyperspektrale Bildgebung führt eine Spektroskopie für jeden einzelnen Pixel durch. Die hieraus gewonnen Daten sind für jedes Gewebe einzigartig und können genutzt werden, um Durchblutung, Fettgehalt und Wassergehalt zu bestimmen. Des Weiteren konnte gezeigt werden, dass insbesondere bei kleiner Datenmenge ein deutlicher Vorteil hyperspektraler Bildgebung im Vergleich zu konventioneller Bildgebung zur automatisierten Datenerkennung besteht. Inhalt der Doktorarbeit ist das Anlegen, sowie die Auswertung der Daten einer Hyperspektralen Sarkomgewebedatenbank.

Tätigkeitsfelder:

• Präoperative Vorbereitung der Patient*innen
• Intraoperative Durchführung der Messungen
• Annotation und Auswertung der Aufnahmen

Voraussetzungen:

• 6- monatige Präsenzzeit zur Durchführung und Auswertung der Messungen
• Eigenverantwortliche Mitgestaltung. Hierbei kann insbesondere Informatische Vorerfahrungen bzgl. Bildauswertung und künstlicher Intelligenz von Vorteil sein
• Interesse an einem operativen Fach sowie Motivation, Teamfähigkeit und eigenständige Organisation

Wir bieten:

• Engmaschige Betreuung im Rahmen unserer jungen und sehr forschungsaktiven Sarkomgruppe
• Kurzfristige Absprachen bei Fragen und Problemen mit den u.g. Ansprechpartner*innen
• Eigenverantwortliche Mitgestaltung des Themas und Möglichkeit des Einbringens eigener Ideen und Fähigkeiten
• Einblick in die Sarkumchirurgie, welche alle Körperbereiche umfasst
• Co-Autorenschaft in einer Publikation

Kontakt: Ein gegenseitiges Kennenlernen und weitere Informationen sind auch kurzfristig möglich. Bei Interesse schreiben Sie gerne eine E-Mail an Madeleine T. Thomaßen , Dr. med. Jonas Wakker oder Dr. med .Anna Duprée .

Experimentelle Doktorarbeit in der Neurologie: Translationale Studie zur Entzündungsreaktion im menschlichen Gehirn nach Schlaganfall (AG Gelderblom, ERSI Labor)

Kopf- und Neurozentrum, Klinik und Poliklinik für Neurologie

Beginn: ab sofort Bewerbungsfrist: keine

Hintergrund: Tierexperimentelle Vorarbeiten legen eine frühe Entzündungsreaktion im Gehirn und den umgebenden Hirnhäuten durch die Einwanderung verschiedener Immunzellen nach zerebraler Ischämie nahe. Hieraus resultiert neben dem hypoxisch bedingten Nervenzelluntergang eine relevante sekundäre Gewebsschädigung durch inflammatorische Aktivierung lokal ansässiger ZNS-Zellen. Eine Validierung der tierexperimentellen Befunde im Menschen war bisher aufgrund der limitierten Verfügbarkeit von humanem ischämischen Hirngewebe nicht möglich. Um die Rolle des Immunsystems im humanen Schlaganfall zu analysieren, haben wir ein Protokoll für humane Autopsien von Schlaganfallpatienten etabliert, die in der Regel aufgrund schwerer neurologischer Defizite und Hirninfarkt-Schwellung in der subakuten Phase nach dem Schlaganfall versterben. Die Autopsien werden innerhalb von maximal 8 Stunden nach dem Versterben durchgeführt, was die Isolierung von noch lebenden Immunzellen erlaubt und eine noch ausreichend vorhandene Gewebsintegrität für weiterführende Analysen ermöglicht.

Ziel: Ziel des Projektes ist die Analyse der subakuten Entzündungsreaktion im Gehirn und den umgebenden Hirnhäuten im humanen Schlaganfall

Wir suchen: Motivierte Doktorand:innen mit Interesse an Neurologie und experimenteller Forschung im humanen Schlaganfall

Wir bieten:

• direkt klinisch-translationaler Ansatz in einem experimentellen Kontext
• interdisziplinäre Zusammenarbeit (Neurologie, Neuropathologie, Rechtsmedizin, Bioinformatik, Biologie)
• Enge Supervision in einer motivierten Arbeitsgruppe
• Erlernen und Anwendung breiter und etablierter immunologischer Methoden (Durchflusszytometrie, Histologie, Einzelzellsequenzierung)
• Unterstützung bei Finanzierungs- und Stipendiumsverfahren

Laufzeit: idealerweise 1-2 Freisemester, studienbegleitend nach Rücksprache evtl. möglich

Betreuung: PD Dr. med. Mathias Gelderblom, Dr. med. Alina Jander

Kontakt: Bei Interesse freuen wir uns sehr über eine Kontaktaufnahme per Mail an Dr. med. Alina Jander

Doktorarbeiten im Centrum für angeborene Fehlbildungen (CCA), der Klinik und Poliklinik für Kinderchirurgie

KiNDER UKE, Klinik und Poliklinik für Kinderchirurgie

"Charakterisierung und vergleichende Analyse extrazellulärer Vesikel in Kolon-Organoiden von Patienten mit Morbus Hirschsprung im Vergleich zu gesunden Kontrollen unter proinflammatorischen Bedingungen"

Beginn: nach Absprache Bewerbungsfrist: keine Ausgeschrieben: 2 Stellen

Hintergrund: Das Prinzip der intestinalen Organoide ist ein Organmodell in Zellkulturform. In den letzten Jahren es entwickelt sich dies zum neuen Standard für funktionelle Untersuchungen. Sie können die normale Physiologie oder Krankheitspathogenese des Darmepithels exakt widerspiegeln. Dies wird durch die Interaktion von verschiedenen Darmepithelzellen (IEC) mit anderen Arten von IECs ermöglicht. Daraus ergibt sich, dass Elemente der Zellarchitektur, Signalkaskaden und Genregulationen unter kontrollierten Bedingungen untersucht werden können, zudem bewahren sie die Eigenschaften ihres Ursprungs (Kolon), sodass die Ergebnisse sofort auf die zugrunde liegende Erkrankung übertragen werden können (Translation).

In Erweiterung der AG Angeborene Fehlbildungen werden zum Sommersemester 2024 Doktorand:innen mit hoher Eigenmotivation und überdurchschnittlichem Einsatz gesucht. Die Kandidaten sollen die bereits etablierten Techniken im Labor der Kinderchirurgie weiter verfeinern.

Methodik: Zellkulturmethoden, Western Blot, qPCR, Flowcytometrie/FACS, Immunhistochemie und Immunfluoreszenzfärbungen, konfokale Mikroskopie und in vivo (live)-Imaging.

Forschungsziele:

• Charakterisierung von EVs: Identifizierung und Vergleich des molekularen und genetischen Inhalts von extrazellulären Vesikeln, die aus Kolon-Organoiden von Patienten mit Morbus Hirschsprung und gesunden Kontrollen stammen.
• Auswirkung proinflammatorischer Stimulation: Untersuchung, wie proinflammatorische Stimulation die Menge und Qualität von EVs sowohl in erkrankten als auch in gesunden Kolon-Organoiden beeinflusst.
• Funktionelle Analyse: Untersuchung der Rolle von EV-abgeleiteten Biomolekülen bei der Modulation zellulärer Umgebungen innerhalb der 3D-Organoid-Modelle mit Fokus auf mögliche Auswirkungen auf Pathogenese und Verlauf von Morbus Hirschsprung.

Forschungsfragen:

• Welche molekularen Profile unterscheiden EVs, die von Kolon-Organoiden aus Patienten mit Morbus Hirschsprung im Vergleich zu gesunden Kontrollen stammen?
• Wie beeinflusst proinflammatorische Stimulation die Freisetzung und den Inhalt von EVs in Kolon-Organoiden aus beiden Gruppen?
• Können EVs aus Morbus-Hirschsprung-Organoiden zelluläre Verhaltensweisen beeinflussen, die entscheidend für den Fortschritt oder die Eindämmung der Krankheit sind?

Diese Dissertation trägt zum Verständnis von EVs im Krankheitskontext bei und könnte neue diagnostische Marker oder therapeutische Ziele für Morbus Hirschsprung auf Basis fortgeschrittener 3D-Organoid-Modelle aufzeigen.

Rahmenbedingungen: Die Inkulturname humaner Enteroide sowie neuronaler Zellen aus dem ENS wurde innerhalb der letzten Jahre in unserem Labor bereits erfolgreich etabliert. Es liegen bereits Materialien / Präparate (human) zum sofortigen Beginn der Dissertation vor. Der Schwerpunkt der Arbeit wird im Labor der Kinderchirurgie stattfinden, zusätzlich werden Auswertungen an den Geräten verschiedener Core Facilities und die Auswertung der der Ergebnisse an entsprechender Software durch den Doktoranden vorgenommen. Zusätzlich wird der Doktorand als Ansprechpartner bei der Asservierung neuer Präparate sowie den dazugehörenden Blutproben in die bereits bestehende Kooperation mit dem Altonaer Kinderkrankenhaus und dem Leibnitz Institut für Virologie eingebunden.
Für die Umsetzung des Projekts ist eine Laborarbeit in Vollzeit notwendig. Voraussetzung für die Dissertation sind daher mindestens zwei Freisemester. Bewerbung für ein Stipendium / Teilnahme an einem SFB sind möglich.

Wir bieten: Das Erlernen von anspruchsvollen Techniken zur Etablierung einer neuen Organoid-Ko-Kultur. Dabei legen wir Wert auf eine engmaschige Betreuung innerhalb des bestehenden Laborteams bestehend aus vier Doktorand:innen, zwei technischen Assistentinnen, zwei Clinician Scientists, einer promovierten Biologin sowie der ärztlichen Leitung. Wir bieten ein strukturiertes Vorgehen innerhalb des Projekts mit flachen Hierarchien, interne Fortbildungen sowie Möglichkeit zur Präsentation der Ergebnisse auf nationalen und internationalen Konferenzen mit Einblicken in das Feld der Kinderchirurgie und Pädiatrie.

Wir erwarten: Ein hohes Maß an intrinsischem Interesse, Teamfähigkeit und Motivation für die Etablierung neuer Versuchstechniken. Außerdem Spaß an analytischem Denken und an technisch anspruchsvollem Arbeiten. Vorkenntnisse in Laborarbeit sind vorteilhaft, aber keine Voraussetzung.

Kontakt: Wir freuen uns über aussagekräftige Bewerbungen (CV und kurzes Motivationsschreiben). Prof. Dr. med. Christian Tomuschat

Experimentelle Doktorarbeit in der Neurologie; Experimental Research in Stroke and Inflammation (ERSI) – AG Gelderblom

Kopf- und Neurozentrum, Klinik und Poliklinik für Neurologie

Beginn: nach Absprache bis 01.10.2024 Bewerbungsfrist: keine

Hintergrund: Der ischämische Schlaganfall gehört weltweit zu den führenden Ursachen einer schweren und dauerhaften Behinderung. Die derzeit verfügbaren Behandlungsmethoden fokussieren sich auf pharmakologische und mechanische Rekanalisationsverfahren, um den Blutfluss rasch wiederherzustellen. Allerdings profitiert nur eine begrenzte Patientenzahl von diesen Verfahren, bedingt durch das enge therapeutische Zeitfenster. Aus tierexperimentellen Studien ist bekannt, dass neben dem primären Zellschaden als Folge einer Minderversorgung mit Sauerstoff und Glukose ein relevanter sekundärer Gewebsschaden durch die postischämische Entzündungsreaktion entsteht.
Die direkte Analyse der molekularen Mechanismen dieser Entzündungsreaktion im geschädigten menschlichen Gehirn war bisher nicht möglich, was dazu führt, dass die exakten pathophysiologischen Abläufe und deren therapeutische Bedeutung nach wie vor unklar sind. Durch mechanische Thrombektomien besteht nun erstmals die Möglichkeit, lokale Blutproben aus der ischämischen Hemisphäre zu gewinnen. Diese ermöglichen es, die lokalen Prozesse der frühen postischämischen Entzündungsreaktion im betroffenen Gehirn zu identifizieren und zu analysieren.

Ziel: Ziel des Vorhabens ist ein genaueres Verständnis der frühen immunologischen Pathophysiologie im humanen Schlaganfall und die damit einhergehende Identifizierung von Zielstrukturen zur therapeutischen Modulation.

Anforderungsprofil: Motivierte Doktorand:innen für eine anspruchsvolle translationale Doktorarbeit mit einmaligem humanem Material.

Wir bieten:

• Einarbeitung in ein laufendes Projekt
• Erlernen verschiedener Methoden, wie z.B. FACS und Proteomics
• Klare Zielsetzung zu Beginn der Arbeit
• Förderung von Fortbildungen und Kongressen
• Unterstützung bei Bewerbung auf Stipendien
• Beteiligung an resultierenden Publikationen

Laufzeit: ideal 1 Jahr (2x Freisemester); studienbegleitende Modelle sind nach Rücksprache möglich

Betreuung: PD Dr. med. Mathias Gelderblom und Dr. med. Justine Münsterberg

Kontakt: Bei Interesse an einer gemeinsamen Zusammenarbeit, freuen wir uns sehr über eine kurze Bewerbung an Dr. med. Justine Münsterberg

Experimentelle Doktorarbeit in der Nephrologie: Funktion und Regulation des lokalen und systemischen Complements bei immunvermittelten Nierenerkrankungen

Dr. med. Tilo Freiwald, Prof. Dr. Tobias Huber

Hamburg Center for Kidney Health (HCKH)III. Medizinische Klinik und Poliklinik (Nephrologie/Rheumatologie/Endokrinologie) Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf Kontakt: t.freiwald@uke.de oder www.hckh.org

Hintergrund: Eine fehlerhafte Kontrolle und Deregulierung des Complement-Systems als Teil der angeborenen Immunantwort ist ein zentrales Merkmal von immunvermittelten Nierenerkrankungen. Neue Erkenntnisse über die lokale, Leber-unabhängige Complement-Produktion und der Nachweis, dass Complement-Faktoren auch intrazellulär und nicht nur im Serum an Signalkaskaden teilnehmen bieten spannende neue Blickwinkel in der Grundlagenforschung. In Kombination mit der erfolgreichen Entwicklung und aktuellen klinischen Studien von Medikamenten, die auf das Complement-System abzielen, eröffnet sich jetzt ein einmaliges Zeitfenster, um Grundlagenforschung zum Wohle des Patienten zu translatieren.

Hypothese: Wir nehmen an, dass Complement-Faktoren, die lokal und nicht systemisch erzeugt werden, über spezifische Immunzell-Interaktionen Entzündung bei immunvermittelten Glomerulonephritiden regulieren.

Arbeitsprogramm/Methoden: 1) Muster der Complement-Dysregulation bei Patienten mit immunvermittelten Glomerulonephritiden charakterisieren (in Kooperation mit der Nephropathologie am UKE, Prof. Thorsten Wiech): · In Situ Hydridisierung, Immunhistochemie, Spatial Transcriptomics · Computer-gestützte systembiologische Auswertung 2) Molekularer Mechanismus von Complement-induzierten Veränderungen des Immunzellmilieus in Maus und Organoid (für die Doktorarbeit Beschränkung auf einen Pfad sinnvoll): · Knock out Mäuse mittels Single Cell RNA-seq und qPCR · Anzucht von Organoiden aus Patienten mit Gendefekten

Wir suchen: Doktorand:innen mit einer hohen Motivation für die experimentelle Laborarbeit, die gerne 12 Monate im Labor arbeiten möchten. Es erfolgt die Auszahlung eines Stipendiums für diese Zeit.

Wir bieten: - Strukturiertes Promotionsprogramm im Rahmen des SFB1192 Graduiertenkolleg möglich: https://www.sfb1192.de/de/graduiertenkolleg - Faire Bezahlung im Rahmen des SFB1192 Graduiertenkolleg - Klar definiertes Arbeitsprogramm mit konkreten Fragestellungen - Anwendung bei uns etablierter Methoden und realistische Zeitplanung und gute Betreuung in der Laborarbeit - Klinischer Einblick in die III. Medizinische Klinik und assoziierte Abteilungen. Teilnahme an unseren wöchentlichen Seminaren. - Austauschprogramm mit unseren Kooperationspartnern in den USA möglich

Laufzeit: 12 Monate experimentelle Vollzeit-Labortätigkeit

Beginn: Startpunkt flexibel nach Absprache