Single Cell Core Facility
Ziel der Single Cell Core Facility ist es, interessierten Wissenschaftler:innen eine Plattform zur Untersuchung der Genexpression auf Einzelzellbasis bereit zu stellen. Das Serviceangebot umfasst die Beratung und die Erstellung der gewünschten Single Cell Sequencing Library. Eine eigenverantwortliche Nutzung ist nach entsprechender Einarbeitung und Schulungen zur Technik in Zusammenarbeit mit den Geräteherstellern ebenfalls möglich.
Prinzip
Mithilfe der technischen Ausstattung und der Expertise der Core Facility ist es möglich, die Genexpression zusammen mit vorhandenen Zelloberflächenproteinen, der Chromatin-Struktur, der Antigenspezifität und des TCR/BCR-Immunrepertoires einer einzelnen Zelle zu analysieren, um somit die Komplexität der Genexpression und -Regulation besser zu verstehen.
Die Proben werden als Zellsuspension nach entsprechender Aufreinigung durch die Forschenden selbst übernommen und nach Vereinzelung, Library-Konstruktion und Qualitätskontrollen an die Nutzer übergeben.
Zudem ist die räumliche Kartierung des Transkriptoms im Gewebekontext möglich. Hierzu wird die Visium-Plattform der Firma 10X Genomics genutzt.
Die Schnitte werden durch die Forschenden eigenständig geschnitten, übertragen, gefärbt und mikroskopiert. Die weiteren, molekularbiologischen Arbeitsschritte zur Library-Herstellung und entsprechende Qualitätskontrollen werden durch die Single Cell Core Facility durchgeführt.
Informationen zur Probenverarbeitung werden durch die Core Facility bereitgestellt.
Angebot
Die Erstellung folgender Libraries sind möglich:
- 3’ und 5‘ GEX-Libraries zur Transkriptom-Analyse
- V(D)J/Immun-Repertoire Libraries wie BCR- und TCR-seq
- Zelloberflächen-Protein Libraries bzw. Immun-Rezeptor-Mapping
- ATAC-seq Libraries
- Visium: Gewebe-assoziierte Transkriptom-Libraries
Sequenzierung
Die angebotenen Serviceleistungen zur Erstellung der verschiedenen Libraries sind kompatibel mit folgenden Illumina Sequenzierungssystemen
- MiSeq
- NextSeq 500/550/2000
- HiSeq 2500 (Rapid Run)
- HiSeq 3000/4000
- NovaSeq
Auf Anfrage empfehlen wir gerne validierte Partner für die Sequenzierung und/oder für die Bioinformatische Analyse.
Nutzungsordnung
Ausstattung
- 10X Chromium X
- 10X Chromium Controller
- BD Rhapsody-System
- C1000 Touch Thermocycler
- 4200 TapeStation
Anmeldung & Preise
Die Anmeldung und Beratung zu den Serviceleistungen
der Single Cell Core Facility ist unter
single-cell@uke.de möglich.
Die Preise basieren auf den anteiligen Materialkosten pro Probe.
Scientific Board
Team
- Naturwissenschaftliche Doktorandin
- Core Managerin
- Technische Angestellte