UKE - Molekulare Neuroonkologische Pathologie

Stellenangebote

Wir freuen uns jederzeit über Initiativbewerbungen von interessierten Studierenden aus Medizin/Naturwissenschaften/Bioinformatik die aktiv an unserer Forschung mitwirken möchten (Bachelorarbeiten/ Masterarbeiten/ Medizinische Doktorarbeiten/Studentische Hilfskräfte).

Bei Interesse an PhD oder Post-Doc Stellen bitte zunächst eine Anfrage stellen ob aktuelle Möglichkeiten in der Arbeitsgruppe bestehen.
Studentische Praktikanten können wir derzeit leider nicht annehmen.

Kontakt zur Forschungsgruppe von Prof. Dr. Julia Neumann

Aktuelles

2024
09/2024
Wir waren auf der Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Neuropathologie und Neuroanatomie (DGNN) in Regensburg.
Jan Philip Kolb präsentierte unsere Arbeit zu digitaler intraoperativer Diagnostik mit Histolution GmbH.
Maximilian Middelkamp zeigte unsere Arbeit im Themenbereich digitale Pathologie zur Anwendung der Hierachical Image Pyramid Transformer (HIPT) Methode.
Antonia Gocke präsentierte ihre Arbeit zu bioinformatischen Analysen von Kopienzahlvariationen der DNA auf der Basis von DNA-Methylierungsdaten. Gut gemacht!
08/2024
Gemeinsam mit dem tollsten Team genießen wir unser schönes Hamburg. Bei perfektem Wetter sind wir auf der Alster und den Hamburger Kanälen gepaddelt. Danach haben wir lecker mexikanisch gegessen.
07/2024
Es war großartig, Teil der FENS2024, der größten europäischen Neurowissenschaftlichen Konferenz, gewesen zu sein. Jelena Navolic präsentierte ihre Arbeit zur Charakterisierung von Hirnmigrationsstörungen mittels räumlich aufgelöster Proteomanalysen (spatial proteomics).
07/2024
Unsere Studie zur Analyse von globalen Proteinprofilen von Medulloblastomen, einer bösartigen primären Hirntumorentität, wurde in Nature Communcations veröffentlicht!
Herzlichen Glückwunsch an die Erstautorinnen Shweta Godbole und Hannah Voß!
Hier ist die open access Publikation zu finden: https://www.nature.com/articles/s41467-024-50554-z

Wir haben Multiomics-Analysen durchgeführt, unter Integration von DNA-Methylomik, Transkriptomik, Proteomik und N-Glykomik Daten, und zeigen neue Einblicke in molekulare Veränderungen bei dieser aggressiven Hirnerkrankung, die als Therapieansatzpubkte dienen können.
Wir danken der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) für die Förderung im Emmy Noether-Programm und dem Universitätsklinikum Hamburg Eppendorf für die Förderung im Rahmen des close the gap-Programms!
06/2024
Wir hatten eine tolle Zeit auf dem European Congress on Digital Pathology ECDP2024. Es ist spannend zu sehen, wie digitale Pathologie und künstliche Intelligenz die Zukunft der (Neuro-)Pathologie gestalten werden!
Herzlichen Glückwunsch an Yannis Schumann für seine super Präsentation unserer Ergebnisse zur KI-basierten Klassifizierung von Ependymomen!
05/2024
Wir freuen uns, dass unsere neueste Arbeit über spinale Ependymome in Acta Neuropathologica veröffentlicht wurde und gratulieren Antonia Gocke zu ihrer Erstautorinnenarbeit!

Wir berichten über Rückenmarkstumoren, die bisher in keine der von der WHO definierten Tumorkategorien passen.

Diese spinalen Tumore
- zeigen spezifische histologische Merkmale
- sind durch ein einzigartiges DNA-Methylierungsmuster gekennzeichnet, das sich von Subependymomen, MYCN-amplifizierten spinalen Ependymomen oder anderen Ependymomtypen unterscheidet und
- weisen ein spezifisches Proteom-Profil auf, das Ähnlichkeiten mit MYCN-amplifizierten spinalen Ependymomen hat

Begrenzte Follow-up-Daten deuten schließlich auf ein eher günstigeres klinisches Verhalten im Vergleich zu MYCN-amplifizierten spinalen Ependymomen hin, es sind jedoch weitere Untersuchungen zum Verhalten dieser Tumore erforderlich.

Wir schlagen als vorläufige Bezeichnung MYCN-ähnliches spinales Ependymom (SP-EPN-MYCN-like) für diese speziellen Tumoren vor.

Hier findet sich die Publikation in voller Länge: https://link.springer.com/article/10.1007/s00401-024-02740-y

01/2024
Herzlichen Glückwunsch an Yannis, der seine jüngste Arbeit in Brain Pathology veröffentlicht hat!
Wie kann künstliche Intelligenz (KI) in der diagnostischen Neuropathologie helfen?
Mithilfe von erklärbarer KI haben wir untersucht, ob tiefe neuronale Netze den molekularen Subtyp von Rückenmarksependymomen anhand von digitalisierten Bildern aus Hämatoxylin- und Eosin gefärbten Schnittpräparaten vorhersagen können. Darüber hinaus wollten wir die Konsistenz zwischen histologiebasierten Diagnosen und der molekularen Klassifizierung (basierend auf DNA-Methylierungsprofilen) prospektiv verbessern, indem wir spezifische morphologische Muster dieser molekularen Ependymomtypen identifizierten und quantifizierten. Unser Ansatz kann als ergänzende Ressource für die integrierte Diagnostik dienen und sogar dazu beitragen, ein standardisiertes, qualitativ hochwertiges Niveau der histologiebasierten Diagnostik über verschiedene (Neuro)pathologischen Einrichtungen hinweg zu etablieren. Der vollständige Artikel unserer Open-Access-Publikation ist hier zu finden: http://doi.org/10.1111/bpa.13239

01/2024
Mit einem Multi-omic-Ansatz (Integration von DNA-Methylierungs-, RNA-Expressions- und Proteomdaten) haben wir hier die Pathophysiologie der so genannten embryonalen Tumoren mit mehrschichtigen Rosetten (ETMR) weiter aufgeklärt. Diese Hirntumore sind selten, aber äußerst bösartig und betreffen kleine Kinder. Daher sind neue therapeutische Ansätze dringend erforderlich. Wir konnten in dieser Arbeit zeigen, dass diese Tumore ein einzigartiges Proteomprofil aufweisen, das mit der Histomorphologie des Tumors zusammenhängt. Darüber hinaus konnten wir zeigen, dass Proteasom-regulierende Proteine in ETMR spezifisch in hoher Abundanz vorhanden sind, was auf ihre starke Abhängigkeit von der Proteasom-Maschinerie zur Sicherung der Proteostase hindeutet. In Einklang mit dieser Hypothese reagierten ETMR-Tumorzellen sehr empfindlich auf eine Behandlung mit dem Proteasom-Inhibitor Marizomib. Daher könnte die Proteasom-Inhibition eine neue vielversprechende therapeutische Option bei ETMR sein. Der vollständigen Artikel ist in unserer Open-Access-Publikation zu finden: https://academic.oup.com/neuro-oncology/advance-article/doi/10.1093/neuonc/noad265/7503967
01/2024
Wir freuen uns sehr über die Verleihung des Preises der Werner Otto Stiftung zur Förderung der medizinischen Forschung verliehen für unsere Grundlagenforschung zur Proteomik von Hirntumoren (mit Schwerpunkt Medulloblastom, https://www.nature.com/articles/s41467-022-31007-x , https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.01.09.523234v 1). Es war eine große Ehre Prof. Otto und die Kollegen aus dem Kuratorium der Werner-Otto-Stiftung zu treffen und mit ihnen zu diskutieren ( https://www.werner-otto-stiftung.de/ ). Danke an mein tolles Team, ohne das unsere Erfolge nicht möglich wären! Und vielen Dank an die Werner Otto Stiftung für die Unterstützung der medizinischen Forschung! https://www.werner-otto-stiftung.de/foerderung-von-forschung/preis-der-werner-otto-stiftung/#preistraeger
2023
12/2023
Herzlichen Glückwunsch an Nigar Mammadova, die ein Werner-Otto-Stipendium für ihre geplante Doktorarbeit erhalten hat. Nigar wird die Rolle von LIN28A bei bösartigen Hirntumoren untersuchen. Vielen Dank an die Werner Otto Stiftung ( https://www.werner-otto-stiftung.de ) für die Unterstützung unserer nächsten Generation von forschenden Ärztinnen und Ärzten!
12/2023
Herzlichen Glückwunsch an Piotr Sumislawski zur Verleihung des Hans Sautter-Promotionspreises für seine Doktorarbeit im Bereich der Augenheilkunde! Er war einer meiner ersten Doktoranden! Die Preisverleihung fand im Erika-Haus statt. Vielen Dank an den Förderkreis des UKE für diese tolle Veranstaltung und die Würdigung der Arbeit von jungen Wissenschaftlern ( https://www.uke.de/allgemein/ueber-uns/freundes-und-foerderkreis/index.html )!
12/2023
Wie löst man das "Sleeping beauty" Problem, ist unser Leben eine Simulation oder wozu können Cyborg-Kakerlaken nützlich sein? All das und noch viel mehr haben wir beim heutigen Science Slam im Rahmen unserer AG Weihnachtsfeier gelernt. Danke an mein tolles Team für dieses großartige Jahr, das wir gemeinsam verbringen und im Bereich der Hirntumorforschung gestalten konnten! Ich freue mich schon auf 2024!
11/2023
Herzlichen Glückwunsch an Jelena Navolic zur Veröffentlichung als Erstautorin in Analytical Chemistry! Ihre Arbeit konzentrierte sich auf räumlich aufgelöste Proteomanalysen im sich entwickelnden Mausgehirn mit Hilfe der Nanosekunden-Infrarot-Laserablation (NIRL).
Vielen Dank auch an Jan Hahn und Manuela Moritz für die großartige Zusammenarbeit! Das Paper ist unter https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.3c02637 zu finden.
09/2023
Wir haben am internationalen Kongress für Neuropathologie in Berlin teilgenommen (ICN2023, https://icn2023.de/ ). Es war toll mit Neuropathologinnen und Neuropathologen aus der ganzen Welt über Diagnostik und Wissenschaft zu diskutieren. Herzlichen Glückwunsch auch an Jelena Navolic aus unserem Team, die für ihre Arbeit zur Untersuchung von Hirnmigrationsstörungen in vivo mit einem Posterpreis ausgezeichnet wurde! Sehr gut gemacht, liebe Jelena!
08/2023
Sommerliches Beisammensein im Schönen Hamburg. Es war toll, gemeinsam mit dem besten Team auf Hamburgs Kanälen zu paddeln!
06/2023
Gut gemacht Shweta! Shweta Godbole präsentierte unsere Arbeit zu Proteomics in Medulloblastomen auf der SnoPed2023 Konferenz. Vielen Dank auch an die Kind Philipp Stiftung ( https://www.deutsches-stiftungszentrum.de/stiftungen/kind-philipp-stiftung-f%C3%BCr-p%C3%A4diatrisch-onkologische-forschung ), die Shwetas Kongressteilnahme mit einem Stipendium unterstützt hat!
Klassifikation mit ACF
04/2023
Können wir multidimensionale Daten (z.B. aus den Bereichen single cell transcriptomics oder proteomics) trotz fehlender Datenpunkte (missing data) zur Klassifikation von Proben nutzen? Yannis Schumann beschäftigte sich mich einem neuartigen Algorithmus der dies möglich macht und konnte seine bioinformatische Arbeit "Robust classification using average correlations as features (ACF)" in BMC Bioinformatics publizieren. Es handelte sich um eine gemeinsame Arbeit mit dem Lehrstuhl für High Performance Computing an der HSU. Herzlichen Glückwunsch an Yannis! Der Artikel ist unter: https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-023-05224-0 zu finden.
2022
Hannah Voß
11/2022

Hannah Voß wurde mit dem ersten Posterpreis bei der Neurowoche 2022 in Berlin ausgezeichnet !
Sie stellte unsere Arbeiten zu Proteomanalysen in Medulloblastomen vor.
Herzlichen Glückwunsch !
Maximilian Middelkamp
09/2022

Unser Dritter erfolgreicher medizinischer Doktorand dieses Jahr - Maximilian Middelkamp konnte seine Doktorarbeit zu Lin28A im Kontext der Gehirnentwicklung erfolgreich verteidigen, herzlichen Glückwunsch!
Piotr Sumislawski

Piotr Sumislawski
08/2022
Piotr Sumislawski konnte seine medizinische Doktorarbeit erfolgreich verteidigen. In seiner Forschungsarbeit beschäftigte er sich mit seltenen bösartigen Augentumoren und konnte seine Ergebnisse im Journal Oncogenesis publizieren ( https://lnkd.in/e4tBZPhB ).
Herzlichen Glückwunsch vom gesamten Team!
07/2022
Wir sind jetzt auch auf Twitter!
https://twitter.com/Julia_E_Neumann?t=tnPzhHalrrhYCeA22kYFqQ&s=09
Lisa Ruck
07/2022
Meine Doktorandin Lisa Ruck konnte Ihre medizinische Doktorarbeit erfolgreich verteidigen!
Ganz herzlichen Glückwunsch!
07/2022

Unsere Arbeit zur Intergation von sogenannten "omics" Daten konnte nun in
Nature communications publiziert werden https://lnkd.in/eT2zcXYm ( https://rdcu.be/cP0ns ).
Unser Algorithmus "HarmonizR" ist als Freeware nutzbar und ist auf GitHub zu finden.
Das Programm erlaubt die Integration von unabhängig generierten "Omic" Datensätzen und ist besonders für Proteom-Datensätze interessant ("Proteomics") da diese viele fehlende Datenpunkte ("missing values") enthalten.
Das Projekt war eine tolle interdisziplinäre Zusammenarbeit mit der Section Mass Spectrometry and Proteomics; UKE ( Prof. Hartmut Schlüters Gruppe ) und dem Chair of High Performance Computing, Helmut Schmidt Universität ( Prof. Philipp Neumanns Gruppe ).

06/2022

Die ISPNO2022 in Hamburg war ein toller Kongress zu kindlichen Hirntumoren!
Vielen Dank an unsere Vorstellenden Jelena Navolic, Matthias Dottermusch, Simon Schlumbohm and Maximilian Middelkamp!
Simon Schlumbohm

Jelena Navolic

Maximilian Middelkamp

Dr. Matthias Dottermusch
2021
12/2021
Matthias' Arbeit zur räumlich aufgelösten Analyse von epigenomischen Daten und Transkriptom-Daten ("spatial omics") in einer neu beschriebenen Tumorentität aus dem Universum der SMARCB1 defizienten Tumore wurde in Neuropathology and Applied Neurobiology unter dem Titel "Spatial molecular profiling of a central nervous system low-grade diffusely infiltrative tumour with INI1 deficiency (CNS LGDIT-INI1) featuring a high-grade AT/RT component" open access publiziert ( https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nan.12777 )). Herzlichen Glückwunsch!
12/2021
LIN28A wird in einigen malignen Hirntumoren exprimiert, z.B. ETMR oder AT/RT. Max und Lisa haben sich in ihren medizinischen Doktorarbeiten mit der Frage auseinandergesetzt ob eine Überexpression von Lin28A in neuralen Vorläuferzellen einen Einfluss auf die Hirnentwicklung hat oder gar zu Hirntumoren führt. Ihre Ergebnisse konnten die beiden nun in Acta Neuropathologica Communications mit dem Titel: "Overexpression of Lin28A in neural progenitor cells in vivo does not lead to brain tumor formation but results in reduced spine density" open access publizieren ( https://actaneurocomms.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40478-021-01289-1 ).
Herzlichen Glückwunsch an beide Erstautor*innen!
Preisverleihung Shweta
12/2021

Preisverleihung: Shweta Godbole wurde der Hubertus-Wald Poster Award übergeben. Vielen Dank and das University Cancer Center Hamburg (UCCH ) und die Hubertus Wald Stiftung für die Unterstützung junger Wissenschaftler*innen und herzliche Glückwünsche an Shweta!
11/2021
Matthias' und Piotrs Arbeit zur Pathogenese embryonaler Augentumoren, sogenannter intraokulärer Medulloepitheliome, wurde in Oncogenesis mit dem Titel: "Co-activation of Sonic hedgehog and Wnt signaling in murine retinal precursor cells drives ocular lesions with features of intraocular medulloepithelioma" open access publiziert ( https://rdcu.be/cBsQa ).
In der Arbeit konnten die beiden zeigen, dass sich intraokuläre Medulloepitheliome in ihrer Genexpression von intrazerebralen Medulloepitheliomen (auch als ETMR bezeichnet) und Retinoblastomen abgrenzen und beschreiben das erste präklinische Modell für diese seltene Tumorerkrankung.
Herzlichen Glückwunsch an beide Erstautoren für die tolle Leistung, auch im Rahmen der medizinischen Doktorarbeit von Piotr!
11/2021
Matthias' spannender Case Report zu einem ungewöhnlichem SMARCB1 defizienten Tumor wurde in dem diamond open access journal Free Neuropathology (www.freeneuropathology.org<http://www.freeneuropathology.org>) mit dem Titel "An atypical teratoid/rhabdoid tumor (AT/RT) with molecular features of pleomorphic xanthoastrocytoma (PXA) in a 62-year-old patient " publiziert ( https://www.uni-muenster.de/Ejournals/index.php/fnp/article/view/3640 ).
Herzlichen Glückwunsch!

09/2021
UCCH Research Retreat 2021:
Shweta Godbole wurde mit dem UCCH Poster Award 2021 für Ihre Arbeit zur Integration von Omics Daten bei Medulloblastomen ausgezeichnet. Herzlichen Glückwunsch!