Im Jahr 2005 beauftragte der Senat der Freien und Hansestadt Hamburg den Ärztlichen Leiter des DZSKJ, Prof. Dr. Rainer Thomasius, mit der Gründung des „Deutschen Zentrums für Suchtfragen des Kindes- und Jugendalters“ im UKE, um dadurch die Entwicklung und Erprobung neuer Präventions- und Behandlungsansätze für suchtgefährdete Kinder und Jugendliche gezielt zu fördern. Das DZSKJ verfolgt das Ziel, die Qualität der Suchtprävention vor allem für die Zielgruppe der Kinder und Jugendlichen zu verbessern und an der Praxis orientierte Forschung zu gewährleisten.

Die Gründung des DZSKJ als universitäre Einrichtung baute auf die erfolgreiche Arbeit der von Thomasius im Jahr 1999 im UKE begründeten Drogen- und Alkoholambulanz für Jugendliche, junge Erwachsene und deren Familien (DAA) auf. Das Forschungsinstitut des DZSKJ ging als Fachstelle für indizierte Suchtprävention am 1. Oktober 2006 in Betrieb. Im Jahr 2008 wurde nach Ausführung umfangreicher Baumaßnahmen im Gebäude W 28 im westlichen Bereich des UKE-Geländes die Jugend-Suchtstation mit 12 Betten (4 Betten Entzugsstation und 8 Betten Therapiestation) in Betrieb genommen. Im Jahr 2012 konnte das Behandlungsangebot durch die bundesweit erste Sucht-Tagesklinik für Jugendliche mit 7 Behandlungsplätzen erweitert werden. Seit 2011 ist dem DZSKJ eine Spezialambulanz des Medizinischen Versorgungszentrums (MVZ) im UKE (Ambulanzzentrum Kinder- und Jugendpsychiatrie, -psychotherapie und Familientherapie) angeschlossen, in der die ambulante Weiterbehandlung der Patient:innen nach Abschluss der (teil-) stationären Behandlung sichergestellt wird. Thomasius übergab nach 39-jähriger Diensttätigkeit im UKE die Ärztliche Leitung des DZSKJ am 1. Juni 2025 an seine Nachfolgerin, Frau PD Dr. med. Dipl. Psych. Kerstin Paschke, die sich im Fachgebiet Kinder- und Jugendpsychiatrie und -psychotherapie im DZSKJ habilitierte.

Das DZSKJ wird mit Unterstützung aus Mitteln der Freien und Hansestadt Hamburg betrieben.