Ziel der Single Cell Core Facility ist es, interessierten Wissenschaftler:innen eine Plattform zur Untersuchung der Genexpression auf Einzelzellbasis bereit zu stellen. Das Serviceangebot umfasst die Beratung und die Erstellung der gewünschten Single Cell Sequencing Library. Eine eigenverantwortliche Nutzung ist nach entsprechender Einarbeitung und Schulungen zur Technik in Zusammenarbeit mit den Geräteherstellern ebenfalls möglich.

Mithilfe der technischen Ausstattung und der Expertise der Core Facility ist es möglich, die Genexpression zusammen mit vorhandenen Zelloberflächenproteinen, der Chromatin-Struktur, der Antigenspezifität und des TCR/BCR-Immunrepertoires einer einzelnen Zelle zu analysieren, um somit die Komplexität der Genexpression und -Regulation besser zu verstehen.

Die Proben werden als Zellsuspension nach entsprechender Aufreinigung durch die Forschenden selbst übernommen und nach Vereinzelung, Library-Konstruktion und Qualitätskontrollen an die Nutzer übergeben.

Zudem ist die räumliche Kartierung des Transkriptoms im Gewebekontext möglich. Hierzu wird die Visium-Plattform der Firma 10X Genomics genutzt.

Die Schnitte werden durch die Forschenden eigenständig geschnitten, gefärbt und mikroskopiert. Die weiteren, molekularbiologischen Arbeitsschritte, wie die Bedienung des CytAssist zur Library-Herstellung und entsprechende Qualitätskontrollen werden durch die Single Cell Core Facility durchgeführt.

Informationen zur Probenverarbeitung werden durch die Core Facility bereitgestellt.

Eine weitere Technologie zur räumlichen Expressionsanalyse, die zur subzellulären Kartierung von Tausenden Genen im Gewebekontext genutzt werden kann, wird durch den in situ Xenium Analyzer der Firma 10X Genomics ermöglicht. Diese Plattform ist in der Core Facility vorhanden und steht den Forschenden ebenfalls zur Verfügung.

Die Erstellung folgender EInzelzell-Libraries sind möglich:

• 3’ und 5‘ GEX-Libraries zur Transkriptom-Analyse
• V(D)J/Immun-Repertoire Libraries wie BCR- und TCR-seq
• Zelloberflächen-Protein Libraries bzw. Immun-Rezeptor-Mapping
• ATAC-seq Libraries
• Visium: Gewebe-assoziierte Transkriptom-Libraries

Subzelluläres Gewebe-Imaging:

• Xenium in situ-Plattform

Sequenzierung:

Die angebotenen Serviceleistungen zur Erstellung der verschiedenen Libraries sind kompatibel mit folgenden Illumina Sequenzierungssystemen

• MiSeq
• NextSeq 500/550/2000
• HiSeq 2500 (Rapid Run)
• HiSeq 3000/4000
• NovaSeq

Auf Anfrage empfehlen wir gerne validierte Partner für die Sequenzierung und/oder für die Bioinformatische Analyse.

• 10X Chromium X
• 10X Chromium Controller
• 10X Visium CytAssist
• 10X Xenium Analyzer
• BD Rhapsody-System
• C1000 Touch Thermocycler
• 4200 TapeStation

Die Anmeldung und Beratung zu den Serviceleistungen
der Single Cell Core Facility ist unter single-cell@uke.de möglich.

Die Preise basieren auf den anteiligen Materialkosten pro Probe.

Prof. Dr. Manuel A. Friese

Prof. Dr. Nicola Gagliani

Prof. Dr. Christian Krebs (Leitung)