Um die Ansprüche an höchste Qualität zu gewährleisten, ist die Organisation von iPRIME-CS durch klare Strukturen gekennzeichnet. Alle Prozesse und Änderungen des Programms werden durch ein Entscheidungsgremium getroffen, welches sich aus dem iPRIME-CS Vorstand zusammensetzt. Darüber hinaus wird der Vorstand strategisch von einem externen Board international renommierter Wissenschaftler sowie dem iPRIME-CS Kollegium beraten.